据交通运输部有关负责人介绍，此次中国海军护航的主要对象是中国公司或中资公司的船只，此外还包括联合国粮农组织等运送人道主义物资的船只。中国香港、澳门特别行政区和台湾地区的船只都可以申请海军护航，但对不是中资公司的外国船只提出的护航申请，中方将视情况再做决定。

所有需要中国海军护航的中国船舶或外籍中资船舶，都应向中国船东协会提出申请，由中国船东协会将申请保护商船的情况上报给中国反海盗中心，再通过中国反海盗中心与中国海上搜救中心联合办公，由它们将商船有关信息提供给护航的海军，而这些信息通常需要提前7天告知海军。