两份合同怎么处理？

问：我毕业后分配到一家研究所下属的公司，档案存放在研究所。我与该公司签订了一份3年的正式劳动合同，同时与该研究所签订了一份粗略的劳动协议，要求为其工作5年。两份合同分别规定了违约金。我已经从公司辞职，并按照与公司的合同向公司支付了违约金。研究所还要求我向其支付另一份协议中规定的违约金，否则扣留我的档案。请问同时签两份劳动合同是否合法？应该以哪一份为准？我是否应该向研究所交违约金？我该如何解决这种纠纷，取出我的档案？

　　答：你与公司签订的劳动合同是符合劳动法规定的。而研究所属于事业单位，不具备和你签订劳动合同的主体资格，因此与你所签协议不受劳动法调整。

　　你向公司辞职并承担了劳动合同约定的违约金，说明你与公司的劳动关系已经解除。研究所不该也无权扣留你的个人档案。但因为你与研究所的协议不属劳动法调整，故这种纠纷不能通过劳动仲裁，而只能通过人事仲裁解决。